Intorno al monastero di Port-Royal, cui l’abate di Saint-Cyran aveva impresso a partire dal 1635 un nuovo orientamento, si sviluppa con grande rapidità e con strepitosa profondità una nuova forma di pensiero – incentrata sulla volontà di rinnovamento religioso e sulla spiccata tendenza al misticismo - elaborata da un gruppo di pensatori ritiratosi nella solitudine del monastero: tra di essi emerge in primo piano la figura di Antoine Arnauld (Parigi 1612- Bruxelles 1694), il cui pensiero rivela una decisiva influenza subita da Agostino. Perso il padre a soli sette anni, Arnauld crebbe sotto la tutela della madre e grande importanza per la sua formazione ebbe la figura della sorella, Angelica. In quelle che da Cartesio stesso furono pubblicate come Quarte obiezioni alle Meditazioni, Arnauld corregge il cartesianesimo con l’agostinismo, mettendo anche in chiaro che i criteri della chiarezza e della distinzione si applicano solamente alle "cose che riguardano le scienze e che cadono sotto la nostra intelligenza, e non a quelle che riguardano la fede e le azioni della nostra vita". Come insegnava Agostino, all’opinare, che è presumere di sapere ciò che non si sa, si contrappongono due forme di sapere autentico: non solo l’intendere mediante ragioni certe (ovvero il cartesiano cogitare in maniera chiara e distinta), ma anche il credere, ossia il ritenere per vero ciò che è motivato da ragioni diverse dalle argomentazioni razionali. Questa distinzione tra due specifiche forme di conoscenza – riferite rispettivamente agli ambiti della scienza e della fede – matura nel medesimo clima culturale da cui trarrà origine la contrapposizione pascaliana tra esprit de géométrie e esprit de finesse. Con Pierre Nicole, Arnauld è autore di una celeberrima Logica o arte di pensare (1662). La Logica di Port Royal (come è generalmente noto lo scritto) prende le distanze sia dalla logica sillogistica di ascendenza aristotelica sia dalla logica terministica medievale, considerandole (come aveva fatto Cartesio stesso) entrambe espressione di un pensare vuoto e formalistico. Sulla scia di Cartesio, che aveva risolto la logica nel metodo della filosofia, i portorealisti si propongono di costruire una logica metodologica (o, per dirla in termini odierni, "mentalistica"), la quale non ha più per oggetto prevalente la struttura formale del ragionamento (come era invece in Aristotele) o i termini del discorso (come era invece in buona parte dei logici medievali), bensì le operazioni compiute dallo spirito nell’atto del pensare. L’opera è suddivisa in quattro parti e, di queste, l’ultima è dedicata per l’appunto al metodo: in ciò risiede la grande novità della logica di Port-Royal e, al contempo, il suo debito verso Cartesio. La nuova metodologia logica è compendiata dalle otto seguenti regole:

Nel diciassettesimo secolo la Francia stava andando in sfacelo a causa di conflitti politici e religiosi tra loro connessi. Nel campo della politica, era esploso un conflitto tra i nobili e l’emergente autorità centrale della corona. In campo religioso si creò, prima di tutto, un conflitto tra protestanti e cattolici, e all’interno dei cattolici vi era un contrasto tra gesuiti e giansenisti. Antoine Arnauld aveva un ruolo importante su entrambi i fronti delle controversie religiose, e ciò nonostante egli era una delle figure teologiche e filosofiche centrali nella controversia in Francia tra gesuiti e giansenisti e il suo nome è connesso con l’Abbazia di Port Royal. Infatti la famiglia Arnauld era strettamente legata all’Abbazia, tant’è che nove dei dieci figli sopravissuti di Antoine "padre" (anche suo nonno si chiamava Antoine) avevano a che fare, in un modo o nell’altro, con l’Abbazia. L’Abbazia di Port Royal des Champs fu fondata nel 1204 come scuola-convento per donne. L’abbazia ebbe il privilegio di offrire rifugio ai preti, ai laici (inclusi gli uomini) i quali potevano, senza prendere necessariamente i voti, vivere in solitudine all’interno dell’abbazia. Nel 1626 un convento per suore fu costruito a Parigi. Nel 1634, il capo spirituale e carismatico dell’abbazia era Jean du Vergier de Hauranne, Abbé de Saint Cyran (1581 – 1643). Saint Cyran indirizzò il giovane Antoine Arnauld dalla legge alla teologia. Mentre era ancora studente alla Sorbona, Saint Cyran lo introdusse ai lavori di Sant' Agostino e scrisse la sua dissertazione nella quale si difendeva un teoria della grazia di stampo agostiniano. Questa sua tesi fu largamente accettata con l’eccezione di uno dei più importanti teologi della Sorbona, Lescot. Arnauld, infatti, non si era consultato con Lescot perché non approvava le sue teorie. Lescot non era solamente il Cannon di Notre Dame, ma anche il confessore del cardinale Richelieu, il potente primo ministro di Luigi XIII. Quando Arnauld si propose per essere ammesso a La Societe della Sorbona, la sua domanda venne rinviata a causa dell’influenza di Lescot. Richelieu a quel tempo teneva Saint Dyran prigioniero nella fortezza di Vincennes. Saint Cyran era il compagno di classe, corrispondente e avvocato delle idee di Cornelio Giansenio, vescovo di Ypres (1585-1638) il cui imponente libro – Augustinus - fu pubblicato post mortem e attaccava la dottrina di grazia del XVI secolo dello spagnolo gesuita Francisco de Molina (1535-1600). Il libro di Giansenio, pubblicato nel 1640, fu condannato da Roma nel 1641 e ricollegato alla condanna di un altro precedente libro sullo stesso argomento di Michael de Bay. Saint Cyran cercò di convincere Arnauld a riprendere i temi della sua prima dissertazione e di dimostrare che la dottrina di grazia di Giansenio era più simile a quella di Agostino piuttosto che a quella di de Bay. Arnauld con la stessa chiarezza difese Giansenio e attaccò i gesuiti in De la fréquente communion. Secondo la visione agostiniana di Arnauld è la competenza di Dio a concedere non solo la grazia ma anche il diritto di disporne, perché la benevolenza e il valore non sono capacità comprese nella natura dell’uomo e non può farcela da solo, e una comunione frequente è come un’insolenza. L’audace difesa di Arnauld nei confronti di Giansenio e il suo attacco ai gesuiti, lo pose al centro dell’intensa controversia. Nel 1649 Nicolas Cornot, un ex gesuita che era entrato a far parte della facoltà di teologia a Parigi, scrisse una lista di cinque dichiarazioni eretiche riguardanti la grazia che lui diceva di ritrovare nell’Augustinus di Giansenio. Queste dichiarazioni furono condannate dalla facoltà parigina e dal Papa Innocente X nel 1653. Nel 1655 ad un amico di Port Royal, il duca di Liancourt, venne rifiutato il sacramento a causa dei suoi collegamenti con Port Royal. Arnauld scrisse due lunghe lettere pubbliche difendendo Port Royal e protestando contro questo abuso dell’autorità ecclesiastica. Francois Annat, il gesuita provinciale di Parigi, ebbe la pretesa di dichiarare che la prima delle cinque proposizioni gianseniste condannate si trovavano in una di queste lettere, e a causa di ciò Arnauld fu cacciato dalla facoltà e dalla società della Sorbona. In questo stesso periodo, Blaise Pascal arrivò a Port Royal des Champs per un ritiro di due settimane (sua sorella era diventata suora a Port Royal nel 1651) e, durante una delle sue successive visite ai due conventi, incontrò Arnauld. Pascal, probabilmente grazie all’aiuto e alla collaborazione di Arnauld e di Pierre Nicole, scrisse le Lettere Provinciali difendendo Arnauld e facendo satira degli oppositori gesuiti. Nel 1656 un documento conosciuto con il nome di Formulario, fu redatto da un gruppo di vescovi francesi guidati da Pierre de Marca, l’arcivescovo di Toulouse, amico del cardinale Mazarino che era succeduto a Richelieu come primo ministro. Il Formulario era un giuramento che condannava le cinque affermazioni che Cornot aveva preteso di ritrovare nel libro di Giansenio Augustinus. Il formulario fu riscritto molte altre volte per poter includere nuove condanne papali sulle cinque dichiarazioni. Ci furono anche tentativi di stigmatizzare come eretici coloro che si rifiutavano di firmare il Formulario. La risposta di Arnauld al Formulario fu di impegnarsi a scrivere forti opuscoli nei quali cercava di persuadere la facoltà della Sorbona e Roma che le cinque dichiarazioni condannate non erano da ricercarsi nel libro di Giansenio e che un uomo in buona fede non poteva giurare per nessun motivo su fatti non dimostrati e nei quali non credeva o dei quali non sapeva assolutamente nulla. In particolare, la questione se specifiche dichiarazioni si trovano in un preciso testo, o se queste affermazioni erano eretiche ovunque si trovino, doveva essere lasciata come decisione del singolo. Tra quelli che si rifiutarono di firmare il Formulario vi erano i religiosi dell’abbazia di Port Royal. Questo portò la corona a dissipare i religiosi, gli studenti e i rifugiati di Port Royal nel 1661. Le difficoltà in questione nel Formulario tennero occupati Arnauld e Port Royal fino al 1669 quando il papa Clemente IX insieme con Luigi XIV dichiarò la pace di Clemente IX per porre termine all’affare del Formulario. Il silenzio fu imposto su una questione non risolta. Nel periodo dal 1669 al 1679 durante il quale perdurò la pace di Clemente IX, Arnauld fu riconosciuto come il principale portavoce della chiesa cattolica in Francia contro i calvinisti. Insieme al suo collaboratore Pierre Nicole, Arnauld si impegnò nella polemica contro il calvinismo francese. Nel 1679 con la morte di Madame de Longueville, la cugina di Luigi XIV, e l’ultimo degli amici potenti di Port Royal a corte, l’opposizione a Port Royal si rifece attiva. Arnauld andò volontariamente in esilio nei Paesi Bassi. Nel 1709 Port Royal des Champs fu raso al suolo per ordine di Luigi XIV.

Arnauld scrisse una lettera criticando la sezione 13 del Discorso e questo fece iniziare la corrispondenza con Leibniz. Arnauld si impegnò in un lungo e a volte duro scambio con Nicholas Malebranche: Arnauld era contrario alla teoria di grazia di Malebranche, ma ritrovava gli sbagli della relazione di grazia di Malebranche negli errori delle sue stesse idee. Arnauld obiettava una tesi centrale contenuta nella dottrina di Malebranche, ovvero quella di vedere tutte le cose in Dio, vale a dire che la conoscenza degli oggetti richiede degli oggetti che siano indipendenti e distinti dalla mente umana e dalla sua percezione. Queste questioni hanno a che vedere con il ruolo di Dio nel mondo, e in particolare nelle nostre azioni di percezione e di scelta morale. I dibattiti sulla teologia sono legati alla posizione delle idee, perché esse hanno un ruolo centrale sia nella percezione che nell’agire. Arnauld in effetti obiettava ad un’interpretazione del ruolo delle idee nella percezione. In effetti, siccome vediamo direttamente le idee, e non le cose che le idee rappresentano, le idee nascondono la nostra percezione del mondo esterno. Arnauld, al contrario, credendo nel carattere rappresentativo delle idee, è un vero realista della percezione. Locke segue Arnauld nelle sue critiche di Malebranche su questo punto. Questa critica a Malebranche di Arnauld e di Locke portò ad interessanti ed importanti problemi filosofici sulle idee e sulla percezione. Nel libro della logica L’Art de Penser (L’arte del Pensiero, conosciuto anche come la Logica di Port Royal) che Arnauld scrisse insieme con Pierre Nicole, ammettendo che Aristotele è la fonte della maggior parte della logica formale, espongono chiaramente che sono fermamente d’accordo con coloro che rifiutano Aristotele e la filosofia Scolastica. Considerano ripugnante anche l’egoismo scetticismo di Montaigne. In certa misura, Arnauld e Nicole approvano il cartesianesimo e la nuova filosofia meccanica contro la scienza aristotelica: mostrano di non capire il ruolo dell’esperimento nella crescita delle scienze naturali e accennano all’induzione solamente per dire che non è affidabile. Arnauld e Nicole sono i seguaci di Cartesio, ma seguaci interessati alla sua filosofia principalmente perché la considerano come la rinascita del pensiero agostiniano e perciò un sostenitore, come loro, della scienza. Il libro rappresenta inoltre "la svolta epistemologica" causata dall’arrivo dello scetticismo e della risposta cartesiana. La concezione generale della logica che loro espongono ne L’arte del Pensiero, quella di mirare allo sviluppo di un chiaro pensiero e di una logica formale subordinata a questo scopo, era largamente accettata e destinata a dominare i trattati di logica per i successivi duecento anni.