La poliedrica attività di Bauer, il quale si interessò, oltre che di filosofia, anche di storia e teologia, si può dividere in due fasi distinte, separate dalle rivoluzioni del 1848. Negli anni ‘40 dell’Ottocento, in quel periodo noto come Vormärz, il preludio agli eventi rivoluzionari tedeschi del marzo 1848, Bauer era uno dei principali esponenti della sinistra hegeliana: propugnava un’interpretazione repubblicana di Hegel e sosteneva una lettura che riusciva a combinare temi etici ed estetici. La sua teoria dell’infinita autocoscienza, derivata dalla riflessione hegeliana sullo spirito soggettivo, poneva l’accento sull’autonomia razionale e sottolineava il valore del progresso storico. Studiando le fonti testuali del Cristianesimo, Bauer pervenne a definire la religione come una forma di alienazione, tramite la quale, a causa delle carenze della vita terrena, poteri irrazionali e trascendenti venivano proiettati fuori dall’individuo, mentre interessi particolari e materiali venivano privati di ogni valore. Egli assumeva inoltre una posizione critica nei confronti della Restaurazione, della sua base sociale e giuridica e della sua ideologia religiosa ortodossa. Dedicatosi all’analisi dell’emergente società di massa, da una parte rifiutava la teoria del liberalismo, a causa della sua irragionevole opposizione all’ordine esistente e della sua equazione “libertà = proprietà”, dall’altra, accusava il socialismo di non dare un’adeguata importanza all’autonomia individuale.

Dopo le sconfitte del 1848, Bauer ripudiò Hegel. Profetizzava un’imminente crisi generale della civiltà europea, dovuta alla sterilità della filosofia e al fallimento delle politiche liberali e rivoluzionarie. Nuove prospettive di liberazione, egli credeva, sarebbero però  sorte da questa crisi.

Nei suoi scritti più tardi esamina l’emergere della Russia nel ruolo di potenza mondiale, potenza che avrebbe inaugurato un’era di imperialismo globale e di guerra: furono questi scritti che influenzarono Nietzsche nella formazione della sua idea di un rinnovamento culturale.

Friedrich Engels e Karl Kautsky rivendicarono il criticismo religioso di Bauer al movimento socialista, mentre il conservatorismo anti-tradizionalista e l’anti-semitismo delle sue opere più tarde contribuirono ad avvicinare il suo nome alla destra rivoluzionaria del XX secolo.